1837 yılında babasının ölümü üzerine, 62 yaşında tahta çıktı. Bu sırada devletin kontrolü İngilizlerin elinde bulunuyordu. 20 sene sadece isimden ibaret kalan bir hükümdarlık yaptı. 1857’de Kalküta yakınlarında Müslüman askerler ayaklandılar. Süratle büyüyen ayaklanma sonunda askerler Delhi’de duruma hakim oldular. İkinci Bahadır Şah, fiili bir hükümdar olarak göreve başladı. Camilerde hatipler Delhi halkını cihada çağırıyor ve Bahadır Şah'ı desteklemeleri için ikazlarda bulunuyorlardı. İkinci Bahadır Şah, oğlu Moğol Mirzayı seraskerliğe tayin etti.

Fakat bir süre sonra askerin iaşe masraflarının karşılanmaması yüzünden sipahiler komutanlarını dinlemeyerek yağmaya başladılar. Bu karışıklıktan faydalanan İngilizler, Sir John Lawrens idaresinde Delhi harekatını başlattılar. Lawrens, 8 Haziran’da Delhi önlerine gelerek İngiliz kuvvetlerini savaş nizamına soktu. Dört bir yandan açılan topçu ateşi Delhi’de büyük zayiata sebep oldu. İngiliz birlikleri açılan surlardan şehre girdiler. Bahadır Şah ve sipahiler iç kaleye (Kale-i Mualla) çekildiler ise de çok geçmeden teslim oldular. İngilizler batı vahşetinin tipik bir misalini burada göstererek, kendilerine sığınan saray erkanını kurşuna dizdiler. Mahkemeye sevk edilen İkinci Bahadır Şah, ömür boyu hapse mahkûm edildi. Aralık 1858’de resmen tahttan indirildi. Burma’da Rangun şehrine gönderilen Bahadır Şah, 7 Kasım 1862’de öldü.

İkinci Bahadır Şah, âlim, hattat ve aynı zamanda iyi bir şair olup, Zafer mahlası ile şiirler yazardı.