Sultan Üçüncü Mehmed Hanın Eğri Seferine, üçüncü vezir olarak katıldı. Haçova Meydan Muhârebesinde ordunun sağ kol kumandanı olup yaptığı taarruzlarla yarım saatte düşmanın yirmi bin kişilik kuvvetini imhâ etti. Böylece kaybedilmiş gibi görünen muhârebenin kazanılmasında büyük rol oynadı. Bu başarısından dolayı Hoca Sâdeddîn Efendiyle Kapıağası Gazanfer Ağanın tavsiyeleriyle İbrâhim Paşanın yerine vezir-i âzam oldu. Savaştan sonra, askeri yoklatarak muhârebe meydanından kaçmış olan timar ve zeamet sâhipleriyle kapıkulu ocaklarından otuz bin kişinin dirliklerini kesmesi ve Kırım’da Gâzi Giray’ı azletmesi huzursuzluklara yol açtı. Bu sebeple sadârete gelişinden kırk beş gün sonra azledildi.

Azledilmesinden sonra bir müddet Akşehir’de oturan Sinan Paşa; 1598’de Şam Beylerbeyliğine, 1599’da ikinci defâ Kaptan-ı deryâlığa tâyin edildi. 1604 İran Serdarlığı muvaffakiyetsizlikle neticelendi. Bu sebeple kaptan paşalıktan azledilerek yerine Derviş Paşa getirildi. 1606’da, Diyarbakır’da kederinden vefât etti.

Cağalazâde Sinan Paşa, son İran Seferindeki mağlûbiyeti hâriç kendisine verilen işlerde hep muvaffak oldu. Toplam on sene süren kaptan paşalığında tecrübeli denizcilerle görüşerek iş görmüş ve muvaffak olmuştur. Gayretli ve cesur bir devlet adamıydı. İstanbul’da iki ve Beşiktaş’ta bir mescitle bir medrese ve mektebi vardı. İstanbul’daki Cağaloğlu semtinin adı bu zâttan gelmektedir.