Dînimize sonradan sokulan hurâfeler ve bozuk mezheplerle mücâdele etti. 1666 yılında Mevlevîlerin simâlarını ve Halvetîlerin rakslarını yasak ettirdi. Babaeski’deki Hurûfî tekkesini yıktırdı. Dînimizin içilmesini, satılmasını yasak ettiği şarabın, 1671’de, satılmasını yasak ettirdi.

Sultan Dördüncü Mehmed Han, Vâlide Turhan Sultan, vezirler ve âlimlerin açılışında hazır bulunduğu Yeni Câmideki ilk Cumâ vaazını yaptı (1664). Vânî Mehmed Efendi, çeşitli beyannâmeler yayınlayarak, Osmanlı Devletine karşı çıkan, bu beyannâmeleri bütün dünyâ Yahûdîlerine göndermeye çalışan, kendisinin Mesih olduğunu iddiâ eden meşhur dönme Sabatay Sevi’nin yargılandığı yüksek dîvânda üye olarak bulundu. Sabatay Sevi, kendisinin Mesih olmadığını, Müslüman olduğunu îlân ve yaptıklarını inkâr etti. Mehmed Efendi ismini aldı. Onun Müslüman olmuş görünmesiyle ilgili olarak Vânî Mehmed Efendi; “Bu adamın, Müslümanlığı, kalbî hisler ve ihlâs ile kabul ettiğine kâni değilim. Fakat dînimiz şüpheyi reddeder ve kişinin îmânı üzerinde hüküm, ancak cenâb-ı Hakk’ındır. Bu îtibârla samimiyetle Müslüman olmasını niyâzdan başka şey yapamam” dedi.

1682 yılında, Sadrâzam Merzifonlu Kara Mustafa Paşa, Viyana’daki Haçlı orduları karşısında bozguna uğradığında, Vânî Muhammed Efendi ordu şeyhiydi. Bunun için, ordunun dönüşünde Bursa’da Kestel Köyüne sürgün gönderildi. Kestel’de büyük bir câmi ve mektep yaptırdı. 1684’te Kestel’de vefât etti.

Boğaziçi'ndeki Vaniköy Câmiini de yaptırdı. Bu semt ismini Vânî Efendiden almıştır ve Vaniköy denmiştir.